Fondato nel 1874 su volere della Dieta regionale tirolese di Innsbruck, operò per il rilancio e l’ammodernamento dell’agricoltura nel territorio.

Il primo direttore fu Edmund Mach, al quale si deve l’approccio che vide la didattica e la ricerca come settori interconnessi per favorire la crescita del settore agricolo.

Mach fu uno dei 9 componenti che nel 1895 partecipò al progetto di elaborazione e costituzione della Federazione dei Consorzi cooperativi.

Uno dei direttori più noti fu il presidente della Provincia autonoma di Trento Bruno Kessler, che negli anni Settanta del Novecento contribuì a modernizzare l’istituto.

L’ente sarà costituito come provinciale nel 1990, articolato in tre centri; quello scolastico, quello sperimentale e l’assistenza tecnica.

Dal 2008 è una fondazione privata con capitale pubblico (Fondazione Edmund Mach - Istituto Agrario di San Michele all'Adige).